1857ലെ ഒന്നാം സ്വാതന്ത്ര്യ സമരത്തിനു നേതൃത്വമേകിയവരില്‍ മൗലാനയുമുണ്ടായിരുന്നു. കേറാനയില്‍ ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ക്കെതിരെ ശക്തമായി ചെറുത്തു നില്‍പാണ് നടത്തിയത്. ഇതും ക്രൈസ്തവ മിഷണറിമാരുടെ ഉപജാപങ്ങളും കാരണം മൗലാനയെ പിടികൂടാന്‍ ബ്രിട്ടീഷ് പട്ടാളവേട്ട തുടങ്ങിയതോടെ അദ്ദേഹം രാജ്യം വിടാന്‍ നിര്‍ബന്ധിതനായി. മൗലാനയുടെ ജന്‍മനാട് പട്ടാളം അരിച്ചുപെറുക്കി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ തലക്കു അക്കാലത്ത് ആയിരം രൂപ ഇനാം പ്രഖ്യാപിച്ചു. അക്ബര്‍ ചക്രവര്‍ത്തിയില്‍ നിന്നും പൂര്‍വികര്‍ക്കു ലഭിച്ചതടക്കമുള്ള അദ്ദേഹത്തിന്റെയും ബന്ധുക്കളുടെയുമെല്ലാം സ്വത്ത് ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ കണ്ടുകെട്ടുകയും ചെയ്തു. ഇന്ത്യ വിട്ട് പുണ്യഭൂമിയിലെത്തി. അക്കാലത്ത് ഹറം ശരീഫില്‍ ശാഫിഈ മദ്ഹബിന്നായിരുന്നു പ്രാമുഖ്യം. ഈ മദ്ഹബിലെ ശൈഖുല്‍ ഉലമാ ശൈഖ് ദഹ്‌ലാനായിരുന്നു. തുര്‍ക്കിയിലെ ഉസ്മാനിയ ഖിലാഫത്തിന് കീഴിലായിരുന്നു മക്കയും മദീനയും ഉള്‍പ്പെടുന്ന അന്നത്തെ ഹിജാസ് പ്രവിശ്യ. 

ശൈഖ് ദഹ്‌ലാന്റെ ഹറമിലെ ക്ലാസുകളില്‍ പങ്കെടുത്ത പഠിതാക്കളോടൊപ്പം മൗലാന ഹറമിലെ അധ്യാപകരിലൊരാളായിത്തീര്‍ന്നു. 

ആയിടക്കാണ് ഇന്ത്യയില്‍  മുസ്‌ലിംകളോട് സംവാദത്തില്‍ പരാജിതനായ ഫാദര്‍ ഫാജറെ ചര്‍ച്ച് മിഷന്‍ സൊസൈറ്റി ഇസ്‌ലാമിക ഖിലാഫത്തിന്റെ ആസ്ഥാനമായ കോണ്‍സ്റ്റാന്റിനോപ്പിളിലേക്ക് നിയമിക്കുന്നത്. തുര്‍ക്കിയിലെ മുസ്‌ലിംകള്‍ക്കിടയിലും ഭരണാധികാരികള്‍ക്കിടയിലും ഉപജാപങ്ങളുടെ വിത്തു പാകുകയായിരുന്നു ലക്ഷ്യം. താന്‍ ഇന്ത്യയില്‍ നിന്നാണ് വരുന്നതെന്നും അവിടെ ക്രൈസ്തവരുമായുള്ള സംവാദങ്ങളില്‍ മൗലാന റഹ്മത്തുല്ലാഹിയുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള മുസ്‌ലിം പൗരോഹിതര്‍ തോറ്റമ്പിയെന്നും ഇതേതുടര്‍ന്ന് മുസ്‌ലിംകള്‍ കൂട്ടത്തോടെ ക്രൈസ്തവതയിലേക്ക് ഒഴുകുകയാണെന്നതടക്കമുള്ള ദുഷ്പ്രചാരണങ്ങളാണ് ഫാദര്‍ ഫാജര്‍ അഴിച്ചുവിട്ടത്. ഫാജറെ കശക്കിവിട്ട മൗലാന മക്കയില്‍ ഉണ്ടെന്ന് സുല്‍ത്താന്‍ അറിഞ്ഞു. സുല്‍ത്താന്റെ നിര്‍ദേശ പ്രകാരം സര്‍ക്കാര്‍ അതിഥിയായി മൗലാന തുര്‍ക്കിയിലെത്തിയെന്ന വിവരം അറിഞ്ഞതോടെ ഫാജര്‍ അവിടെ നിന്ന് മുങ്ങി. മൗലാന ഇന്ത്യന്‍ സ്ഥിതിഗതികള്‍ വിവരിച്ച യോഗത്തിലേക്ക് സുല്‍ത്താന്‍ ഉന്നത പണ്ഡിതന്‍മാരെയും ഉദ്യോഗസ്ഥരേയും ക്ഷണിച്ചു വരുത്തി. തുര്‍ക്കിയിലെ ക്രിസ്ത്യന്‍ പ്രചാരണത്തിനു തടയിടാന്‍ തീരുമാനിക്കുകയും മിഷണറിമാരെ പുറത്താക്കുകയും അവരുടെ പുസ്തകങ്ങള്‍ക്ക് വിലക്കേര്‍പ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. 

മികവുറ്റ ഇസ്‌ലാമിക സേവനം മാനിച്ച് സെക്കന്റ് ക്ലാസ് മജീദി മെഡല്‍ നല്‍കി ആദരിക്കുകയും പ്രതിമാസ അലവന്‍സ് നല്‍കാന്‍ ഉത്തരവ് പുറപ്പെടുവിക്കുകയും ചെയ്തു. കോണ്‍സ്റ്റാന്റിനോപ്പിളില്‍ തങ്ങിയ ആറുമാസത്തിനകമാണ് തന്റെ മാസ്റ്റര്‍ പീസ് ഗ്രന്ഥമായ 'ഇദ്വ്ഹാറുല്‍ ഹഖ്' എന്ന പുസ്തകം അദ്ദേഹം രചിച്ചത്. ഈ ഗ്രന്ഥം പിന്നീട് ഇംഗ്ലീഷ്, ഫ്രഞ്ച്, ടര്‍ക്കിഷ്, ഗുജറാത്തി, ഉറുദു തുടങ്ങിയ ഭാഷകളിലേക്ക് വിവര്‍ത്തനം ചെയ്യപ്പെട്ടു.

മക്കയില്‍ തിരിച്ചെത്തിയ ശേഷം മൗലാന ഹറമിലെ അധ്യാപന രംഗത്ത് കൂടുതല്‍ സജീവമായി. തത്വശാസ്ത്രം, തര്‍ക്കശാസ്ത്രം എന്നീ വിഷയങ്ങളായിരുന്നു ആദ്യമെടുത്തിരുന്നത്. പിന്നീട് ഹിജാസില്‍ ആദ്യമായി വാനനിരീക്ഷണ ശാസ്ത്രം ഒരു വിഷയമായി ഹറമിലെ വിദ്യാര്‍ഥികളെ പഠിപ്പിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. എറ്റിമോളജി(പ്രഭോല്‍പത്തി ശാസ്ര്തം)യും ഒരു വിഷയമായി പഠിപ്പിക്കാന്‍ തുടങ്ങിയത് മൗലാനയാണ്. ദര്‍സ് രീതിയിലുള്ള ഹറമിലെ പഠന രീതിക്കു പുറമെ പ്രത്യേകം തയ്യാറാക്കിയ പാഠ്യപദ്ധതിയും അധ്യാപന രീതിയും സ്‌കൂള്‍ പഠനാന്തരീക്ഷവുമുള്ള ഒരു വിദ്യാലയം മക്ക ആസ്ഥാനമായി തുടങ്ങേണ്ടതിന്റെ ആവശ്യകതയെക്കുറിച്ച് അദ്ദേഹം ഗൗരവമേറിയ ചര്‍ച്ചകളിലേര്‍പ്പെട്ടു. ഇളം തലമുറയുടെ ആത്മീയ ഭൗതിക ആവശ്യങ്ങള്‍ക്ക് അനുസൃതവും കാലികവുമായ ഒരു സമഗ്ര വിദ്യാഭ്യാസ പദ്ധതിക്കാണ് ഇത് അലകും പിടിയുമേകിയത്. പ്രൈമറി, അപ്പര്‍ പ്രൈമറി, സെക്കന്‍ഡറി തുടങ്ങിയ വിദ്യാര്‍ഥിയുടെ പ്രായത്തിനും വളര്‍ച്ചക്കും അനുസരിച്ചുള്ള പഠന തലങ്ങളുള്ള, ഉസ്താദ് ഓതിക്കൊടുത്തത് കാണാപാഠം പഠിക്കുന്ന രീതി വിട്ട് വിദ്യാര്‍ഥികളുടെ ബുദ്ധിയും സാമര്‍ഥ്യവും പ്രയോഗിക്കുന്നതിനുതകുന്ന സ്‌കൂളാണ് സൗലത്തി മദ്രസ സ്ഥാപിച്ച് വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്കകം മൗലാന യാഥാര്‍ഥ്യമാക്കിയത്. വിദ്യാര്‍ഥികള്‍ക്ക് ഹോസ്റ്റല്‍ സൗകര്യം ഏര്‍പ്പെടുത്തേണ്ടതിന്റെ ആവശ്യകതയും അനിവാര്യതയും അദ്ദേഹം ബോധ്യപ്പെടുത്താന്‍ ശ്രമിച്ചു.

ഇന്ത്യന്‍ ഉപഭൂഖണ്ഡത്തില്‍ നിന്ന് എത്തുന്ന സമ്പന്നരും ഉദാരമതികളുമായ ഹാജിമാരെ സമീപിച്ച് സ്‌കൂള്‍ സ്ഥാപിക്കുന്നതിന് ധനസമാഹരണം നടത്താനാണ് മൗലാന പദ്ധതിയിട്ടത്. ഹിജ്‌റ 1250 റമദാന്‍ ഒന്നിന് ഇതു സംബന്ധിച്ച ആദ്യ അഭ്യര്‍ഥന പുറപ്പെടുവിക്കുകയും ചെയ്തു. മക്കയിലും മദീനയിലും ഹാജിമാരുടെ താമസത്തിനും ജനങ്ങള്‍ക്ക് കുടിവെള്ളമെത്തിക്കാനും നിരവധി ഇന്ത്യക്കാരായ ഉദാരമതികളുടെ സഹായം മൂലം സാധ്യമായിട്ടുണ്ട്. അതുപോലെ മക്കയിലെ ആദ്യത്തെ സ്‌കൂള്‍ തുടങ്ങാനായി കഴിയുന്ന മാസവരി നല്‍കാന്‍ സാധിക്കുന്നവര്‍ പേര്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്യണമെന്നതായിരുന്നു അഭ്യര്‍ഥനയുടെ ചുരുക്കം. ഈ സംരംഭത്തോട് സഹകരിക്കുവാന്‍ നിരവധി പേര്‍ രംഗത്ത് വന്നതോടെ അലീഗഡുകാരനായ പ്രമുഖ പ്രവാസി നവാസ് ഫായിസ് അഹ്മദ് ഖാന്റെ വീടിന്റെ ഒരു ഭാഗം മദ്‌റസയായി ഉപയോഗിക്കുവാന്‍  തീരുമാനിച്ചു. 

അതേവര്‍ഷം തന്നെ ഹജ്ജിനു വന്നവരില്‍ മക്കയില്‍ നിന്നുള്ള സമ്പന്നയായ സൗലത്തുന്നിസ ബീഗവുമുണ്ടായിരുന്നു. മകളോടും മരുമകനോടുമൊത്തായിരുന്നു അവര്‍ ഹജ്ജിന് എത്തിയിരുന്നത്. ഹാജിമാര്‍ക്ക് താമസസൗകര്യം (റുബാത്ത്) പണിത് നല്‍കണമെന്ന ഉദ്ദേശ്യവുമായാണ് അവര്‍ വന്നത്. ഹറമില്‍ മൗലാനയുടെ ക്ലാസ് ശ്രവിക്കാന്‍ എത്താറുണ്ടായിരുന്ന മരുമകന്‍ അതിനിടെ ഭാര്യമാതാവിന്റെ പദ്ധതിയെ കുറിച്ച് മൗലാനയുടെ അഭിപ്രായം ആരാഞ്ഞു. മക്കയിലും മദീനയിലും ഹാജിമാര്‍ക്ക് താമസിക്കുവാന്‍ വേണ്ടത്ര സൗകര്യമുണ്ടെന്നും മക്കയില്‍ ഒരു റഗുലര്‍ സ്‌കൂളാണ് അത്യന്താപേക്ഷിതമായിട്ടു ള്ളതെന്നുമായിരുന്നു മറുപടി. ഇതേക്കുറിച്ചറിഞ്ഞപ്പോള്‍ സൗലത്തുന്നിസക്ക് അതില്‍ ഏറെ താല്‍പര്യം ജനിക്കുകയും പിറ്റേ ദിവസം തന്നെ മൗലാനയെ കണ്ട് സ്‌കൂള്‍ നിര്‍മിക്കു ന്നതിനുള്ള സംഖ്യ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു. അവരുടെ പേരാണ് മദ്‌റസക്ക് നല്‍കിയത്. 

ഹാറതുല്‍ ബാബിലെ ഖരുരീസ ഡിസ്ട്രിക്ടിലായിരുന്നു ആദ്യ സ്‌കൂള്‍ പ്രവര്‍ത്തിച്ചിരുന്നത്. അതിനിടെ സൗലത്തുന്നിസ പണം മുടക്കി വാങ്ങിച്ച സ്ഥലത്ത് സ്‌കൂള്‍ നിര്‍മാണം ആരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു. തൊട്ടടുത്ത വര്‍ഷം 1291 ശഅബാന്‍ പന്ത്രണ്ടിന് സൗലതിയ മദ്‌റസയില്‍ ക്ലാസാരാംഭിച്ചു. 1293ല്‍ ബീഹാറിലെ പാറ്റ്‌ന സ്വദേശിയായ വാജിദ് ഹുസൈന്‍ നല്‍കിയ സംഭാവന ഉപയോഗിച്ചാണ് 50 കുട്ടികളെ ഉള്‍ക്കൊള്ളാവുന്ന ഹോസ്റ്റല്‍ കെട്ടിടം പണിതത്. മദ്‌റസയില്‍ പഠനവും താമസവും സൗജന്യമായിരുന്നു. 

ഇസ്‌ലാമിന്റെ അതിജീവനത്തിനു വേണ്ടി ജീവിതം നീക്കിവെച്ച പ്രതിഭാധനനായ ആ പണ്ഡിതന്‍ 1308 റമദാന്‍ 22ന് 75ാം വയസ്സില്‍ മക്കയില്‍ അന്തരിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന് സന്താനങ്ങള്‍ ഉണ്ടായിരുന്നില്ല.  മക്കയില്‍ മുഅല്ലയില്‍ അന്ത്യവിശ്രമം കൊള്ളുന്നു.