സുല്‍ത്താന്‍ മലിക് ഷായുടെ നിര്യാണത്തോടെ സല്‍ജൂക് ഭരണം ക്ഷയിക്കാന്‍ തുടങ്ങി.  പുത്രന്‍മാരായ മഹ്്ദൂദും ബര്‍ക്ക് യാറൂക്കും തന്നെയാണ് ഇതിന് തുടക്കമിട്ടത്. അധികാര ത്തര്‍ക്കത്തില്‍ സിറിയ, ഹിജാസ്, ഏഷ്യാമൈനര്‍ എന്നിവ നഷ്ടപ്പെട്ടു. ഇവയില്‍ ചിലത് സ്വാതന്ത്ര്യം പ്രഖ്യാപിക്കുകയാണ് ചെയ്തത്.  കുരിശുപട ഒന്നാം കുരിശു യുദ്ധത്തിലൂടെ ഖുദ്‌സ് വിശുദ്ധ നഗരമുള്‍പ്പെടുന്ന ഫലസ്തീന്‍ കൈയടക്കിയതും (ക്രി. 1099) ഈ തര്‍ക്കം മുതലെടുത്താണ്,  തുര്‍ക്കികളും സന്ദര്‍ഭം മുതലെടുത്ത് രംഗത്തു വന്നു.

പന്ത്രണ്ടു വര്‍ഷത്തിനു ശേഷം മലിക് ഷായുടെ മറ്റൊരു പുത്രന്‍ മുഹമ്മദ് ഭരണമേറ്റു, ക്രി.1104ല്‍ (ഹി. 498).  അദ്ദേഹം സല്‍ജൂക് ഭരണത്തിന് നവജീവന്‍ നല്‍കി.  ഇറാഖ്, ഇറാന്‍, അര്‍മീനിയ, തുര്‍ക്കിസ്താന്‍, അഫ്ഗാനിസ്താന്റെ പടിഞ്ഞാറ് ഭാഗം എന്നിവയടങ്ങുന്ന വിശാലമായ സാമ്രാജ്യത്തെ നയിച്ചു.  പിന്നീട് വന്നത് മുഹമ്മദിന്റെ സഹോദരന്‍ സഞ്ചര്‍ ആയിരുന്നു.  40 വര്‍ഷം (ക്രി.1117-1157) സഞ്ചര്‍ സാമ്രാജ്യത്തെ നയിച്ചു.  വിജ്ഞാനവും സാഹിത്യവും സംസ്‌കാരവും അബ്ബാസികളുടെ പ്രതാപകാലത്തെ അനുസ്മരിപ്പിക്കും വിധം പുഷ്ടിപ്പെട്ടു.  ഇക്കാലത്ത് തലസ്ഥാനമായ ഖുറാസാന്‍ വിജ്ഞാനീയങ്ങളുടെ കലവറയുമായി.

സഞ്ചറിന്റെ കാലശേഷം സല്‍ജൂക്കുകള്‍ ചില പ്രദേശങ്ങളില്‍ മാത്രം ഒതുങ്ങി.  മാവറാഅന്നഹ്‌റും ഖുറാസാനും ഇറായും നഷ്ടപ്പെട്ടു.  കിര്‍മാന്‍, കുര്‍ദിസ്താന്‍, ഏഷ്യാ മൈനര്‍ എന്നിവിടങ്ങളില്‍ സ്വതന്ത്ര ഭരണങ്ങളില്‍ ഒതുങ്ങി സല്‍ജൂക്കികള്‍.

120 വര്‍ഷമാണ് സല്‍ജൂക്കുകള്‍ പ്രതാപികളായി മുസ്്‌ലിം ലോകത്തിന്റെ സുല്‍ത്താന്‍ മാരായി വന്നത്. അബ്ബാസി ഖലീഫമാര്‍ക്കും മുകളിലായിരുന്നു അക്കാലത്ത് സല്‍ജൂക് സുല്‍ത്താന്‍മാരുടെ പദവി.

ഇമാം ഗസ്സാലി, അബ്ദുല്‍ ഖാദിര്‍ ജീലാനി എന്നീ വിശ്വപണ്ഡിതരും ഉമര്‍ഖയ്യാം, ജലാലുദ്ദീന്‍ റൂമി എന്നീ വിശിഷ്ട വ്യക്തിത്വങ്ങളും സല്‍ജൂക് കാലഘട്ടത്തിലെ തേജോമയ സാന്നിധ്യങ്ങളായിരുന്നു.