കാലപ്പഴക്കത്തോടൊപ്പം വലിയ മാറ്റങ്ങളൊന്നുമില്ലാതെ നിലനില്ക്കുന്ന കേരളത്തിലെ പുരാതന പള്ളികളിലൊന്നാണ് കോഴിക്കോട്ടെ മുച്ചുന്തിപ്പള്ളി. തളിയമ്പലത്തിന്റെ മാതൃകയിലാണ് ഈ പള്ളിയുടെ നിര്മാണം. നാലടി നീളവും രണ്ടടി വീതിയുമുള്ള കരിങ്കല്ലുപയോഗിച്ചാണ് ഈ പള്ളി പടുത്തുയര്ത്തിയിരിക്കുന്നത്. ഇടക്കാലത്ത് പുറംഭാഗത്തും ഉള്ളിലും ചില്ലറ പുതുക്കിപ്പണിയലുകള് നടത്തിയിട്ടുണ്ടെങ്കിലും വലിയ മാറ്റങ്ങളൊന്നും വന്നിട്ടില്ല. പൂമുഖത്തെ മച്ചിലുള്ള മരത്തില് കൊത്തിയ ചിത്രപ്പണികളും അവയ്ക്കിടയില് ആലേഖനം ചെയ്യപ്പെട്ട ഖുര്ആന് വാക്യങ്ങളും ഇന്നും നിലനില്ക്കുന്നു.
ക്രി. പതിമൂന്നാം നൂറ്റാണ്ടിലെ ഒരു ശിലാലിഖിതം പള്ളിയുടെ അകത്ത് മതിലിലായി കാണാം. ഈ അപൂര്വ ചരിത്ര ലിഖിതത്തെ സംബന്ധിച്ച് ഒരുപാടു ഗവേഷണങ്ങളും പഠനങ്ങളും നടന്നിട്ടുണ്ട്. ഈ ലിഖിതത്തിന്റെ താഴ്ഭാഗത്ത് അറബിയില് ശിഹാബുദ്ദീന് എന്നു കാണുന്നത് ഇബ്നു ബത്തൂത്തയുടെ സഞ്ചാരക്കുറിപ്പില് പരാമര്ശിച്ച ശഹാബുദ്ദീന് ഗാസറൂനിയായിരിക്കാമെന്ന് ചിലര് അനുമാനിക്കുന്നു.
സാമൂതിരിരാജാക്കന്മാരുടെയും കേരള മുസ്ലിംകളുടെയും ചരിത്രത്തിലേക്ക് വെളിച്ചം വീശാന് ഈ ശിലാലിഖിതത്തിനു സാധിക്കുമെന്നതിനാല് അവയില് എഴുതിയതെന്താണെന്ന് പഠിക്കാന് വ്യത്യസ്ത കാലങ്ങളിലായി പലരും ശ്രമിച്ചിട്ടുണ്ട്. മലബാര് മാന്വലില് വില്യം ലോഗന് അജ്ഞാതഭാഷയില് എഴുതപ്പെട്ടത് എന്നാണ് ഇതിനെക്കുറിച്ച് സൂചിപ്പിക്കുന്നത്. എന്നാല് ചരിത്രകാരന് എം.ജി.എസ് നാരായണന് 1961 ല് പ്രസിദ്ധീകരിച്ച 'ചരിത്ര കുസുമങ്ങള്' എന്ന ഗ്രന്ഥത്തില് ക്രിസ്താബ്ദം പതിമൂന്നാം ശതകത്തിലെ വട്ടെഴുത്ത് ലിപിയില് പഴയ മലയാള ഭാഷയില് 32 വരികളും അറബി ഭാഷയില് കുറച്ചു പേരുകളുമാണ് ഈ ശിലയില് രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുള്ളത് എന്നു പറയുന്നു.
ഇബ്റാഹീം സഹ്വത്ത് മകന് അബ്ദുല് ഖാദര് എന്നയാള് ഹിജ്റ 1093 ല് പള്ളിയുടെ അറ്റകുറ്റപ്പണികള് നടത്തിയതായി മച്ചില് രേഖപ്പെടുത്തി വെച്ചിട്ടുണ്ട്. പതിനേഴാം നൂറ്റാണ്ടു വരെ വളരെ പ്രശസ്തരായ മതപണ്ഡിതരുടെ നേതൃത്വത്തില് ഇവിടെ മതപഠനം നടന്നിരുന്നു. വിദൂര പ്രദേശങ്ങളില് നിന്നു പോലും വിജ്ഞാനം തേടി കുട്ടികള് മുച്ചുന്തിപ്പള്ളിയിലേക്ക് വന്നിരുന്നു. മഹാകവി മോയിന്കുട്ടി വൈദ്യര് തന്റെ ഉഹ്ദ് പടപ്പാട്ട് എന്ന കാവ്യം രചിച്ചത് മുച്ചുന്തിപ്പള്ളിയിലെ മുകള് തട്ടിലിരുന്നായിരുന്നു.