1570ല്‍ തന്നെ കുഞ്ഞാലി മരക്കാര്‍ മൂന്നാമനായി പട്ടുമരക്കാര്‍ സ്ഥാനമേറ്റു. സാമൂതിരിക്കും നാവികപ്പടക്കും തലവേദനയായി മാറിയ ചാലിയം കോട്ട പിടിക്കലായിരുന്നു പട്ടുമരക്കാറിന്റെ ലക്ഷ്യം.

കോഴിക്കോട് മിസ്‌ക്കാല്‍ പള്ളിയില്‍ വെച്ചാണ് ഇതിനായുള്ള ആസൂത്രണം നടന്നത്. സാമൂതിരി രാജയും നായര്‍ പടയുടെ നേതാക്കളും കുഞ്ഞാലി മരക്കാറും ഇതില്‍ സംബന്ധിച്ചു.

മാസങ്ങളോളം കോട്ട ഉപരോധിച്ചിട്ടും പറങ്കികള്‍ ചെറുത്തുനിന്നു. ഒടുവില്‍ സാമൂതിരി രാജാവ് തന്നെ നേതൃത്വം ഏറ്റെടുത്തു. ഇത് നായര്‍ മുസ്‌ലിം സൈനികരെ ഉണര്‍ത്തി. മുസ്‌ലിംകള്‍ വിശുദ്ധഖുര്‍ആനും നായര്‍മാര്‍ ഹിന്ദു വേദമന്ത്രങ്ങളും ഉച്ചത്തില്‍ ചൊല്ലി ഉപരോധം ശക്തമാക്കി. ഒടുവില്‍ ഭക്ഷണം തീര്‍ന്ന് പട്ടിണിയിലായ പറങ്കികള്‍ കീഴടങ്ങി കോട്ടയുപേക്ഷിക്കാന്‍ സന്നദ്ധരായി. സാമൂതിരിയും സൈന്യവും ചാലിയം കോട്ട തറയോടെ ഉഴുതു മറിച്ചു. ആ കല്ലുകള്‍ കൊണ്ട് തന്നെ ചാലിയത്തെ മുസ്‌ലിം പള്ളി പുനര്‍നിര്‍മിക്കാന്‍ സാമൂതിരി നിര്‍ദേശം നല്‍കി.

1571ല്‍ നടന്ന ഈ സമരത്തില്‍ പങ്കെടുത്ത ഖാദീ മുഹമ്മദ് ഈ ചരിത്ര മുഹൂര്‍ത്തത്തെ അനുസ്മരിച്ചു കൊണ്ട് രചിച്ച യുദ്ധ കാവ്യമാണ് പ്രസിദ്ധമായ 'ഫത്ഹുല്‍ മുബീന്‍'.

പട്ടമരക്കാര്‍ പിന്നീട് വടകരക്കടുത്ത പുതുപ്പണത്ത് ശക്തമായ ഒരു കോട്ട പണിതു. (ഇവിടം പിന്നീട്കോട്ടക്കല്‍ എന്നറിയപ്പെട്ടു). ഇത് പറങ്കികളെ ശരിക്കും വട്ടം കറക്കി. യൂറോപ്യന്‍ മാതൃകയില്‍ നാവിക സൈന്യത്തെ നവീകരിച്ച കുഞ്ഞാലിയുടെ കരുത്തിനു മുന്നില്‍ പറങ്കികളുടെ നിരവധി വിദേശ ചരക്കു കപ്പലുകള്‍ തരിപ്പണമായി. ഇതോടെ ചതിയിലൂടെ കുഞ്ഞാലിയെയും സാമൂതിരിയെയും അകറ്റാനായി പറങ്കികളുടെ ശ്രമം.

സാമൂതിരിയെ നിര്‍ബന്ധിതാവസ്ഥയിലാക്കി പറങ്കികള്‍ പൊന്നാനിയില്‍ കോട്ട പണിയാനുള്ള അനുമതി വാങ്ങി. സാമൂതിരിയുടെ ഈ നടപടിയെ കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമന്‍ എതിര്‍ത്തു ഇത് ഇരുവര്‍ക്കുമിടയിലെ ബന്ധം വഷളാക്കി. പറങ്കികള്‍ കോട്ടയും പണിതു, സാമൂതിരിയെയും കുഞ്ഞാലിയെയും തമ്മില്‍ പിണക്കുകയും ചെയ്തു. നായര്‍- മുസ്‌ലിം ഐക്യം തകര്‍ക്കാനും വൈദേശികര്‍ കിണഞ്ഞു ശ്രമിച്ചു. 1595 ല്‍ പട്ടുമരക്കാര്‍ ഇഹലോകവാസം വെടിഞ്ഞു.