കണ്ണിയത്ത് അഹ്മദ് മുസ്‌ലിയാരും ഇ കെ അബൂബക്കര്‍ മുസ്‌ലിയാരും സമസ്തയെ നയിക്കുന്ന കാലത്ത് കേന്ദ്ര മുശാവറയില്‍ അംഗമായും പിന്നീട് ജോയിന്റ് സെക്രട്ടറിയായും എ പി അബൂബക്കര്‍ മുസ്‌ലിയാരുമുണ്ടായിരുന്നു. ആയിടക്കാണ് സമസ്തയുടെ പ്രവര്‍ത്തനം അഖിലേന്ത്യാതലത്തിലേക്ക് വ്യാപിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള ആലോചന വന്നത്. അതിന്റെ ഭാഗമായി 1976ല്‍ ഒരു മൂന്നംഗ സമിതിയെ അക്കാര്യം ചുമതലപ്പെടുത്തി. അതില്‍ അബൂബക്കര്‍ മുസ്‌ലിയാരുമുണ്ടായിരുന്നു.

ഇതിനിടെ അദ്ദേഹം കാരന്തൂരില്‍ സ്വന്തമായി മര്‍ക്കസു സ്സഖാഫത്തി സ്സുന്നിയ എന്ന സ്ഥാപനമുണ്ടാക്കി. അതിന്റെ പ്രിന്‍സിപ്പലായി. 1981ല്‍ സംഘടനയില്‍ നേതൃത്വമുറപ്പിച്ച് എസ് വൈ എസ് ജനറല്‍ സെക്രട്ടറിയുമായി. വര്‍ഷങ്ങള്‍ പിന്നിട്ടപ്പോള്‍, 1985ല്‍ ശരീഅത്ത് വിവാദം നാടിനെയാകെ ഇളക്കി മറിച്ചു. സുപ്രീം കോടതിയുടെ വിധിയായിരുന്നു വിവാദത്തിനാസ്പദമായത്. ശരീഅത്തിനെതിരെ വിമര്‍ശനം വന്നപ്പോള്‍ സംഘടനാ ഭിന്നത മറന്ന് കേരളത്തിലെ മുസ്‌ലിംകള്‍ ഒന്നിച്ചിരുന്നു. ജമാഅത്ത് അമീര്‍ കെ സി അബ്ദുല്ല മൗലവിയും, കെ എന്‍ എം ജനറല്‍ സെക്രട്ടറി കെ പി മുഹമ്മദ് മൗലവിയും, സമസ്ത ജനറല്‍ സെക്രട്ടറി ഇ കെ അബൂബക്കര്‍ മുസ്‌ലിയാരും കോഴിക്കോട്ട് ഒരേ വേദിയിലെത്തി. പ്രശസ്ത പണ്ഡിതന്‍ അബുല്‍ ഹസന്‍ അലി നദ്‌വി, ലീഗ് നേതാവ് ഇബ്രാഹിം സുലൈമാന്‍ സേട്ട് എന്നിവരുമുണ്ടായിരുന്നു. ശരീഅത്ത് വിരുദ്ധര്‍ നാവടക്കി. എന്നാല്‍ സമസ്തയില്‍ അത് ഭിന്നതയുടെ നാവുയര്‍ത്താന്‍ വഴി കൂടെയൊരുക്കി.

'പുത്തന്‍ വാദി'കളുമായി വേദി പങ്കിട്ടതിനെ കാന്തപുരം ചോദ്യം ചെയ്തു. 'പുത്തന്‍വാദി'കള്‍ക്ക് സലാം പറയരുതെന്ന ഫത്‌വയുടെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ സമസ്തയുടെ മദ്‌റസാ പാഠപുസ്തകത്തിലുണ്ടായിരുന്ന പ്രസ്തുത ഭാഗം നീക്കം ചെയ്തതും അരീക്കാട് പള്ളി നിര്‍മ്മാണഫണ്ട് വിവാദവും ഭിന്നതക്ക് വേഗത കൂട്ടുകയും ചെയ്തു.

1988ല്‍ ഈ പശ്ചാത്തലത്തിലാണ് എസ് വൈ എസ് മധ്യമേഖലാ സമ്മേളനം എറണാകുളത്ത് നടക്കുന്നത്. സമ്മേളനം നിര്‍ത്തിവെക്കാന്‍ മുശാവറ ആവശ്യപ്പെട്ടു. എന്നാല്‍ ജനറല്‍ സെക്രട്ടറിയായ കാന്തപുരം അത് അവഗണിച്ച് സമ്മേളനം നടത്തി. ഇതോടെ സമസ്ത മുശാവറ തീര്‍ത്തും രണ്ടു ചേരിയായി, ഭൂരിപക്ഷവും ഇ കെ അബൂബക്കര്‍ മുസ്‌ലിയാരെ പിന്തുണച്ചു. ഇതിനുപിന്നാലെ കാന്തപുരം അബൂബക്കര്‍ മുസ്‌ലിയാര്‍ ഉള്‍പ്പെടെ ഏഴ് പേരെ സംഘടനയില്‍ നിന്ന് പുറത്താക്കി. 

വൈകാതെ സമസ്ത കേരള സുന്നി ജംഇയ്യത്തുല്‍ ഉലമ രൂപീകരിച്ചു. അതിന്റെ ജനറല്‍ സെക്രട്ടറി പദമേറ്റെടുത്തുകൊണ്ട് കാന്തപുരം അബൂബക്കര്‍ മുസ്ലിയാര്‍ സമസ്തക്ക് വെല്ലുവിളിയുണര്‍ത്തി.