ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ തുടക്കം വരെ കേരള മുസ്‌ലിംകള്‍ക്കിടയില്‍ നിലനിന്നിരുന്ന മതപഠന സംവിധാനം വളരെ ശുഷ്‌കവും പ്രാകൃതവുമായിരുന്നു. ഓത്തുപള്ളി എന്നറിയപ്പെടുന്ന കേന്ദ്രങ്ങളായിരുന്നു അന്നത്തെ മതവിദ്യാഭ്യാസത്തിന്റെ പ്രാഥമിക ഘട്ടം. അറബി അക്ഷരങ്ങളും വിശുദ്ധ ഖുര്‍ആനിലെ ഏതാനും ചെറിയ അധ്യായങ്ങളും (സൂറ) കുട്ടികളെ ചൊല്ലിപ്പഠിപ്പിക്കുക എന്ന മിനിമം പരിപാടി മാത്രമേ അവിടെ നടന്നിരുന്നുള്ളൂ. 'മൊല്ലാക്ക' എന്നറിയപ്പെട്ടിരുന്ന അധ്യാപകന് അതിലപ്പുറം വല്ലതും പഠിതാക്കള്‍ക്ക് നല്കാന്‍ കഴിയുമായിരുന്നില്ല താനും. ബെഞ്ച്, ഡെസ്‌ക്, ബോര്‍ഡ്, ക്ലാസ് വിഭജനം തുടങ്ങിയ യാതൊന്നുമില്ലായിരുന്നു. ഒരു തരം ഗുരുകുല വിദ്യാഭ്യാസം. 

ദീര്‍ഘകാലം നീണ്ടു നിന്ന ഈ രീതിക്ക് സമഗ്രമായ മാറ്റവുമായി രംഗത്തു വന്ന ഒരു മഹാ പരിഷ്‌ക്കര്‍ത്താവാണ് ചാലിലകത്ത് കുഞ്ഞഹമ്മദ് ഹാജി. പൊതുവിദ്യാലയങ്ങളുടെ തലത്തിലേക്ക് മതപഠന രംഗത്തെ ഭൗതിക സൗകര്യങ്ങള്‍ ഉയര്‍ത്തുകയും അതിനനുസരിച്ച് പരിഷ്‌കരിച്ച ഒരു സിലബസ് തയ്യാറാക്കുകയും ചെയ്തു ചാലിലകത്ത്. തന്റെ പദ്ധതിയനുസരിച്ചുള്ള ഒരു സ്ഥാപനം (മദ്‌റസ) മലപ്പുറം ജില്ലയിലെ കൊണ്ടോട്ടിക്കടുത്ത വാഴക്കാട് ഗ്രാമത്തില്‍ സ്ഥാപിച്ചു. മണ്ണു തേച്ച മരപ്പലകയ്ക്കു പകരം ബോര്‍ഡും ചോക്കും ഉപയോഗിച്ചു. ഡസ്‌കും ബെഞ്ചും ക്ലാസുകളും ഏര്‍പ്പെടുത്തി. പുതിയ പാഠപുസ്തകങ്ങള്‍ തയ്യാറാക്കി. വ്യവസ്ഥാപിതമായ പരീക്ഷയും നടത്തി. 1910 ലാണ് ഈ പരിഷ്‌കരണം ആരംഭിച്ചത്. അന്ന് അത് വലിയൊരു വിപ്ലവമായിരുന്നു. 

സമൂഹം പക്ഷേ ഇതംഗീകരിച്ചില്ല. മദ്‌റസ എന്ന ഈ സംരംഭത്തിന് കടുത്ത എതിര്‍പ്പു നേരിടേണ്ടി വന്നു. ഇത് നരകപാതയാണെന്നു പോലും പണ്ഡിതന്‍മാര്‍ ഫത്‌വ നല്‍കി. എന്നാല്‍ ഉദ്ബുദ്ധരും ഉത്പതിഷ്ണുക്കളുമായ ആളുകള്‍ ചാലിലകത്തിന്റെ പരിഷ്‌കരിച്ച മദ്‌റസാ സമ്പ്രദായം ആവേശത്തോടെ സ്വീകരിച്ചു. കണ്ണൂര്‍, തലശ്ശേരി, വളപട്ടണം, കോഴിക്കോട്, വടകര, പുളിക്കല്‍, പറവണ്ണ, ചാലിയം, തിരൂരങ്ങാടി, കൊടുങ്ങല്ലൂരിലെ ഏറിയാട്, അഴീക്കോട് തുടങ്ങിയ സ്ഥലങ്ങളില്‍ മദ്‌റസകള്‍ ആരംഭിച്ചു. ഏറെ വൈകാതെ മദ്‌റസ ഒരു പ്രസ്ഥാനമായി മാറുകയായിരുന്നു. 

1950 ല്‍ കേരള നദ്‌വത്തുല്‍ മുജാഹിദീന്‍ രൂപീകരിക്കപ്പെട്ട ശേഷം വിപുലമായ മദ്‌റസാ വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡിന്റെ കീഴില്‍ വ്യവസ്ഥാപിതമായ സിലബസും പാഠപുസ്തകങ്ങളും പരീക്ഷയും ക്ലാസ് കയറ്റവും പൊതു പരീക്ഷയും എല്ലാം ആരംഭിച്ചു. സംസ്ഥാനടിസ്ഥാനത്തില്‍ മദ്‌റസാ സംവിധാനം വിപുലമായി. കാലം നീങ്ങി. മദ്‌റസ എന്ന സംവിധാനത്തെ നരകപാതയാണെന്ന് പറഞ്ഞവരും മദ്‌റസകള്‍ സ്ഥാപിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. കാലാകാലങ്ങളില്‍ ആവശ്യമായ പരിഷ്‌കരണങ്ങള്‍ വരുത്തിക്കൊണ്ടിരിക്കുകയും ചെയ്തു. ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനമായപ്പോഴേക്ക് മത സംഘടനകളെല്ലാം മദ്‌റസാ ബോര്‍ഡുകള്‍ രൂപീകരിച്ചു. ഇന്ന് കേരളത്തില്‍ നിരവധി ഏജന്‍സികളുടെ കീഴില്‍ മദ്‌റസാ സംവിധാനം വളരെ വ്യവസ്ഥാപിതമായും ശാസ്ത്രീയമായും നടന്നു വരുന്നുണ്ട്. കെ.എന്‍.എം. വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡ്, സമസ്ത കേരള ഇസ്‌ലാം മത വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡ്, സമസ്ത കേരള സുന്നീ വിദ്യാഭ്യാസ ബോര്‍ഡ്, കൗണ്‍സില്‍ ഫോര്‍ ഇസ്‌ലാമിക് എഡ്യുക്കേഷന്‍ ആന്റ് റിസര്‍ച്ച് (സി.ഐ.ഇ.ആര്‍), വിദ്യാ കൗണ്‍സില്‍ എന്നിങ്ങനെ വിവിധ സമിതികള്‍ക്കു കീഴില്‍ ആയിരക്കണക്കിന് മദ്‌റസകള്‍ ഇന്ന് കേരളത്തിലുണ്ട്.