ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ ആദ്യപാദത്തില്‍ കേരള മുസ്‌ലിംകള്‍ക്കിടയില്‍ പല തലങ്ങളിലും ഉണര്‍വുകള്‍ കണ്ടുതുടങ്ങി. അതില്‍ ഒരു വലിയ നാഴികക്കല്ലായിരുന്നു മുസ്‌ലിം പണ്ഡിതന്‍മാര്‍ ഒരു കുടക്കീഴില്‍ വന്ന് സമൂഹത്തിന് നേതൃത്വം നല്‍കാവുന്ന തരത്തില്‍ കേരള ജംഇയ്യത്തുല്‍ ഉലമാ രൂപീകരിക്കപ്പെടുന്നത്. വിശുദ്ധ ഖുര്‍ആനും നബിചര്യയും പ്രമാണങ്ങളാക്കിക്കൊണ്ടുള്ള ആ മുന്നേറ്റം ചരിത്രഗതിയെ മുന്നോട്ടു നയിച്ചു. എന്നാല്‍ ചരിത്രത്തില്‍ വഴിത്തിരിവുണ്ടാക്കിക്കൊണ്ട് ആ പണ്ഡിത മുന്നേറ്റത്തില്‍ വിള്ളല്‍ വീണു.

ജംഇയ്യത്തുല്‍ ഉലമാ രൂപീകരണ വേളയില്‍ (1924 ആലുവ) അബ്ദുല്‍ ജബ്ബാര്‍ ഹസ്രത്തിന്റെ മുന്നില്‍ മറുത്തൊന്നും പറയാന്‍ സാധിക്കാതെ നിശ്ശബ്ദരായിരുന്ന ചില പണ്ഡിതന്‍മാര്‍ പിന്നീട് പണ്ഡിത കൂട്ടായ്മയില്‍ നിന്ന് കൂറുമാറി. ശിഹാബുദ്ദീന്‍ അഹ്മദ് കോയ ശാലിയാത്തിയായിരുന്നു മുന്‍പന്തിയില്‍. ആദ്യമായി ഉണ്ടായ പണ്ഡിത കൂട്ടായ്മയില്‍ നിന്ന് മാറി നിന്ന ഇവര്‍ 1926 ല്‍ കോഴിക്കോട്ടു വെച്ച് മറ്റൊരു പണ്ഡിതസഭയ്ക്ക് രൂപം നല്‍കി. 1934 ല്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്ത ആ സംഘടനയാണ് 'സമസ്ത കേരള ജംഇയ്യത്തുല്‍ ഉലമ'.

ഈ കൂറുമാറ്റത്തിന് പല കാരണങ്ങളുണ്ട്. (ഒന്ന്) സമുദായത്തിന്റെ അജ്ഞത നിറഞ്ഞ ആത്മാര്‍ഥത. ഖുര്‍ആനും സുന്നത്തും ജീവിതപ്രമാണമാക്കുക എന്നത് പുത്തന്‍ വാദമായി കണ്ടു. (രണ്ട്) നിലവിലുള്ള ഖാദി പട്ടങ്ങളും പ്രദേശിക നേതൃത്വങ്ങളും നഷ്ടമായേക്കുമോ എന്ന ആശങ്ക. (മൂന്ന്) കേവലം ചില കര്‍മശാസ്ത്ര ഗ്രന്ഥങ്ങള്‍ പാണ്ഡിത്യത്തിന്റെ പാരമ്യമായി കണ്ടിരുന്ന ചിലര്‍ക്കെങ്കിലും മത-ഭൗതിക വിദ്യാഭ്യാസവും ആധുനിക ചിന്തയും കൈമുതലാക്കി സമുദായത്തെ നയിക്കാന്‍ തുടങ്ങിയ നവോത്ഥാന പ്രവര്‍ത്തകരോട് തോന്നിയ ഈഗോ. 

സാഹചര്യപരമായ മറ്റു പല കാരണങ്ങള്‍ കൊണ്ടും അവര്‍ സമാന്തരമായി പ്രവര്‍ത്തിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. നിരക്ഷരായ സമുദായം തങ്ങള്‍ സമാദരണീയരായി കരുതുന്ന മുസ്‌ല്യാക്കളുടെ പിന്നില്‍ അണി നിരക്കുക സ്വാഭാവികമായിരുന്നു. പലപ്പോഴും സമസ്തയുടെ നിലപാടുകള്‍ നവോത്ഥാന സംരംഭങ്ങള്‍ക്കു മുന്നില്‍ വിലങ്ങുതടിയായി. ഇത് നാട്ടില്‍ നടക്കുന്ന അന്ധവിശ്വാസങ്ങള്‍ അരക്കിട്ടുറപ്പിക്കുന്നതിന് കാരണമായി. എങ്കിലും നവോത്ഥാന പ്രസ്ഥാനം മുന്നോട്ടു നീങ്ങി. എന്നാല്‍ 1947 ല്‍ വീണ്ടുമൊരു വിഭാഗം പണ്ഡിതര്‍ ജംഇയ്യത്തുല്‍ ഉലമ വിട്ടുപോയി. കെ.സി.അബ്ദുല്ല മൗലവി, ഇസ്സുദ്ദീന്‍ മൗലവി എന്നിവര്‍ ജംഇയ്യത്തുല്‍ ഉലമായുടെ നിര്‍വാഹക സമിതിയില്‍ നിന്ന് രാജിവെച്ചു.  അവര്‍ 1945 ല്‍ രൂപീകരിക്കപ്പെട്ട അബുല്‍ അഅ്‌ലാ മൗദൂദിയുടെ 'ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമി'യില്‍ ചേരുകയും പ്രവര്‍ത്തിക്കാന്‍ തുടങ്ങുകയും ചെയ്തു. 

കേരള ജംഇയ്യത്തുല്‍ ഉലമായുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ നടന്നുവന്നിരുന്ന മുസ്‌ലിം നവോത്ഥാന സംരംഭങ്ങള്‍ക്ക് ദ്വിമുഖ എതിര്‍പ്പുകള്‍ സമുദായത്തിനകത്തു നിന്നുതന്നെ അഭിമുഖീകരിക്കേണ്ടി വന്നു. എങ്കിലും വിശുദ്ധ ഖുര്‍ആനിലേക്കും നബിചര്യയിലേക്കും ക്ഷണിക്കുന്ന ഇസ്വ്‌ലാഹീ പ്രസ്ഥാനത്തിന് അഭൂതപൂര്‍വമായ അംഗീകാരവും സ്വീകാരവും സമൂഹത്തില്‍ നിന്നും പുറത്തുനിന്നും കിട്ടിക്കൊണ്ടിരുന്നു. പ്രത്യേകിച്ചും അക്ഷരാഭ്യാസമുള്ള ആളുകളില്‍ നിന്ന്.