ഔറംഗസീബിന്റെ നിര്യാണത്തോടെ (1707) മുഗള്‍ ഭരണത്തിന്റെ മേല്‍ക്കോയ്മക്ക് ഇളക്കം തട്ടാന്‍ തുടങ്ങി. ഭരണകേന്ദ്രങ്ങളില്‍ ജീര്‍ണത അരിച്ചുകയറാനും ആരംഭിച്ചു. 

ഔറംഗസീബിന്റെ മരണാനന്തരം മകന്‍ മുഅസ്സം(ബഹദൂര്‍ഷാ) ചെങ്കോലേന്തി. അഞ്ചു വര്‍ഷമാണ് അദ്ദേഹം ഭരിച്ചത്. 1712 മുതല്‍ ഫറഖ്‌സീറും ഭരിച്ചു. 1720ല്‍ ബഹദൂര്‍ഷായുടെ മകന്‍ മുഹമ്മദ്ഷാ അധികാരമേറ്റപ്പോഴേക്കും മറാഠാ ശക്തികളുടെ ഇടപെടല്‍ ശക്തമായിക്കഴിഞ്ഞിരുന്നു. മുഗള്‍വംശത്തിന്റെ പതനം തുടങ്ങുകയായിരുന്നു. 

അഹ്മദ്ഷാ (1748-54), ആലംഗീര്‍ രണ്ടാമന്‍ (1759-59), ഷാ ആലം രണ്ടാമന്‍ (1759-1806), അക്ബര്‍ ഷാ രണ്ടാമന്‍ (1806-1837), ബഹദൂര്‍ ഷാ (1838-1857) എന്നിവരും മുഗള്‍ ഭരണചക്രം തിരിച്ചു. 

1857ലെ സ്വാതന്ത്ര്യസമരത്തോടെ ബഹദൂര്‍ഷാ ബ്രിട്ടീഷുകാരാല്‍ സ്ഥാനഭ്രഷ്ടനാക്കപ്പെടുകയും റംഗൂണിലേക്ക് നാട് കടത്തപ്പെടുകയും ചെയ്തു. അവശേഷിച്ച ബന്ധുക്കള്‍ തോക്കിനുമിരയായി. 1862ഓടെ ബാബറിന്റെ സന്തതികള്‍ ഇന്ത്യയില്‍ നിന്നും തുടച്ചുനീക്കപ്പെട്ടു.