മുറാദ് മൂന്നാമന്റെ 21 മക്കളില് ഒരാളായ മുഹമ്മദ് മൂന്നാമനാണ് പിതാവിനുശേഷം സുല്ത്താനായത് (ക്രി.1595-1603). ഉസ്മാനിയ സാമ്രാജ്യത്തിന് ദുഷ്പേരു വരുത്തുംവിധം, അധികാരത്തിന് ഭീഷണിയായേക്കാം എന്ന ആശങ്കയില് തന്റെ 19 സഹോദരന്മാരെയും പല കാരണങ്ങള് കണ്ടെത്തി മുഹമ്മദ് വധിച്ചുകളഞ്ഞു.
അധികാരം, മന്ത്രിമാരായ സിനാന് പാഷ, ജഫാല സാദ എന്നിവരെ ഏല്പിച്ച് ഇദ്ദേഹം കൊട്ടാരത്തില് കഴിഞ്ഞു. അവര് അഴിമതിക്കാരായിരുന്നു. നാട്ടില് കുഴപ്പങ്ങള് വര്ധിച്ചു. ജനം ഇളകി. ഇതു മുതലെടുത്ത് റുമേനിയന് രാജാവ് മിക്കായേല് ചില പ്രദേശങ്ങള് പിടിച്ചടക്കി. ഒടുവില് മുഹമ്മദ് തന്നെ നേരിട്ട് യുദ്ധത്തിനിറങ്ങി. 1596ല് ആസ്ട്രിയ-ഹംഗറി സൈന്യത്തെ അദ്ദേഹം നാമാവശേഷമാക്കി.
സാമ്രാജ്യത്തിനകത്തും പലയിടങ്ങളിലും കുഴപ്പങ്ങള് തലപൊക്കി. ദിയര്ബക്കര്, ഹലപ്പോ, ദമസ്കസ് എന്നിവിടങ്ങളിലെ ഗവര്ണര്മാര് കുഴപ്പക്കാര്ക്ക് വഴങ്ങി. സൈന്യത്തിലും ചേരിതിരിവുണ്ടായി.
ക്രി. 1603 ഡിസംബറില് മുഹമ്മദ് മൂന്നാമന് നിര്യാതനായി.