പൊന്നാനിയില്‍ ഇപ്പോള്‍ നിലവിലുള്ള പള്ളികളില്‍ ആദ്യം നിര്‍മിക്കപ്പെട്ട പള്ളിയാണ് തോട്ടുങ്ങല്‍ ജുമഅത്ത് പള്ളി. ഏതാണ്ട് തൊള്ളായിരം വര്‍ഷത്തെ പഴക്കം പള്ളിക്കുണ്ടെന്ന് കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. ഭാരതപ്പുഴയിലെ വീതി കൂടിയ കടവായ പള്ളിക്കടവിലാണ് തോട്ടുങ്ങല്‍ പള്ളി സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. തിരൂര്‍, പൊന്നാനി താലൂക്കുകളിലെ ജലപാതകളില്‍ ഒന്നാണ് പള്ളിക്കടവ്. കനോലി തോടിന്റെ ഭാഗമായിത്തീര്‍ന്ന അപ്പിത്തോടിന്റെ അരികെയുള്ള പള്ളിയായതിനാല്‍ ഇതിനെ തോട്ടുങ്ങല്‍ പള്ളിയെന്നു വിളിച്ചു. ശൈഖ് മുഹമ്മദ് അബ്ദുല്‍ ഖാദര്‍ ജീലാനിയുടെ ശിഷ്യരില്‍ പ്രമുഖനായ കാഞ്ഞിരമുറ്റത്ത് അന്ത്യവിശ്രമം കൊള്ളുന്ന ശൈഖ് ഫരീദുദ്ദീന്‍ ഖുറാസാനിയും അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രധാന ശിഷ്യന്‍ ഉത്താന്‍ മുഹ്‌യുദ്ദീന്‍ മുസ്‌ലിയാരുമാണ് ഈ പള്ളിയുടെ സ്ഥാപകര്‍. മഖ്ദൂമുമാരുടെ ആഗമനത്തിനു മുമ്പ് പൊന്നാനിയില്‍ ഇസ്‌ലാമിക പ്രബോധനം നിര്‍വ്വഹിച്ചവരില്‍ പ്രധാനിയാണ് ഉത്താന്‍ മുസ്‌ലിയാര്‍. അദ്ദേഹം ഖബറടക്കപ്പെട്ടത് ഇവിടെയാണ്.

പള്ളിയുടെ ആരംഭത്തില്‍ ജുമുഅ ഉണ്ടായിരുന്നുവെങ്കിലും പിന്നീട് അതു നിലയ്ക്കുകയും 2009 ഫെബ്രുവരിയില്‍ പുനരാരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു. പള്ളിയുടെ നിര്‍മിതി പഠിച്ച് കാലനിര്‍ണയം നടത്താന്‍ പുരാവസ്തു വകുപ്പ് ഗവേഷകര്‍ ശ്രമം നടത്തിയിരുന്നെങ്കിലും കൃത്യമായ നിഗമനങ്ങളിലെത്താന്‍ സാധിച്ചിട്ടില്ല. രൂപ കല്പനയില്‍ തോട്ടുങ്ങള്‍ പള്ളിയിലെ മിമ്പറിനോട് സാദൃശ്യം പുലര്‍ത്തുന്ന മിമ്പറുകളാണ് പൊന്നാനി വലിയ ജുമുഅത്ത് പള്ളിയിലെയും വെളിയങ്കോട് പള്ളിയിലെയും മിമ്പറുകള്‍. അകത്തെ പള്ളിയിലേക്ക് കയറുന്ന വാതിലിനു മുകളിലായി ഖുര്‍ആന്‍ വാക്യങ്ങള്‍ മനോഹരമായി മരത്തില്‍ കൊത്തിവെച്ചിട്ടുണ്ട്. ഇടക്കാലത്ത് പള്ളി പുനര്‍നിര്‍മിച്ചതിനെക്കുറിച്ചും ഇതില്‍ സൂചിപ്പിക്കുന്നുണ്ടെങ്കിലും പുനര്‍നിര്‍മിച്ച വര്‍ഷം ചിതല്‍ തിന്നതിനാല്‍ വ്യക്തമല്ല. അകത്തെ പള്ളിയില്‍ നിന്ന് ഒന്നാം നിലയിലേക്ക് മരം കൊണ്ടുള്ള കോണിയുണ്ട്. ഒന്നാം നിലയുടെ മേല്‍ക്കൂര മുഴുവന്‍ മരം കൊണ്ട് നിര്‍മിച്ചതാണ്. പള്ളിയുടെ വടക്ക് പുഴയുടെ വലിയൊരു ഭാഗം കരയായിരുന്നുവെന്നും പല പ്രമുഖ തറവാടുകളും ഇവിടെയുണ്ടായിരുന്നുവെന്നും പറയപ്പെടുന്നു. പഴയ കാലത്ത് പള്ളിയില്‍ വലിയ ദര്‍സ് നടന്നിരുന്നു. എന്നാല്‍ ഇന്ന് സ്വദേശികളായ കുറച്ചു കുട്ടികള്‍ മാത്രമാണ് ദര്‍സിലുള്ളത്.